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《中華人民共和國所得稅暫行條例》規定，企業所得稅的納稅人是直接負有納稅義務的企業和組織。其中包括實行獨立經濟核算以及經國家有關部門批準，依法注冊、登記的事業單位、社會團體等組織。即事業單位同企業單位一樣，都是企業所得稅的納稅人。

但目前事業單位在所得稅的會計核算上與企業單位有很大差別。在企業會計中所得稅作為費用核算，而在事業單位會計中所得稅作為結余分配核算，即年終時，事業單位根據稅法規定計算本年應納的所得稅時，借記“結余分配一應交所得稅”科目，貸記“應交稅金一應交所得稅”科目。隨著我國社會主義市場經濟體制的確立，所得稅從其屬性上說，是納稅人承擔的一項費用，這一觀念已在我國的企業會計改革中被人們普遍接受。將事業單位所得稅通過“結余分配”科目核算，就是把事業單位負擔的所得稅作為事業單位對結余的分配，這種處理顯然與所得稅本質屬性不相符。所以，事業單位的應納所得稅不應該作為結余分配核算，而應該作為支出核算。此外，本文認為，如果承認所得稅是納稅人承擔的一項費用，那么事業單位通過“結余分配”科目核算所得稅與《事業單位會計制度》的規定也有沖突。我國《事業單位會計制度》對單位結余的賬務處理作出了如下規定：“年終，事業單位應將當年實現的事業結余和實現的經營結余全數轉入‘結余分配’科目，結轉后‘事業結余’和‘經營結余’科目應無余額；如果事業單位當年經營結余為虧損，則不結轉。”

這一規定實際上就是規定事業單位的經營虧損不得沖減事業基金，其原因是：

（1）事業單位應嚴格劃清事業收支與經營收支的界限，經營活動不得擠占事業經費。

（2）經營支出與經營收入應當配比。

（3）經營虧損不得結轉，應明確地反映在賬目上，只能用以后年度經營收支盈余來彌補。這有利于單位加強內部管理，扭虧增盈。

眾所周知，所得稅是按應稅所得乘以稅率計算的，而應稅所得是按照稅法規定的納稅人取得的應稅收入扣除準予扣除項目后的差額；事業單位的經營結余是按《事業單位會計準則》和《事業單位會計制度》規定的會計程序和方法核算的會計結余。會計結余與應稅所得是兩個不同的概念，它們之間有差異，尤其在事業單位中差異更大，因此，會計結余為虧損并不意味著沒有應稅所得。在事業單位會計核算為經營虧損但仍有經營活動應稅所得的情況下，就應按照稅法的規定計算交納所得稅，經營活動的所得稅應是經營活動承擔的一項費用，應與經營收入配比，減少經營結余。而按照目前的會計處理方法，將經營活動應交納的所得稅通過“結余分配”科目核算時，借記“結余分配”科目即意味著減少結余分配，末分配的結余最后轉人事業基金。這種處理的結果是，本來應由經營活動承擔的所得稅（即經營虧損的一部分），在實質上卻減少了事業基金，從而與《事業單位會計制度》規定的經營虧損不能用事業基金來彌補相矛盾。

例如，某事業單位某年會計核算的稅前經營結余為虧損2，000元，按照稅法規定計算的應稅所得為3，000元，從而按33％的稅率計算應交所得稅990元。該事業單位經營活動在交納所得稅后，實際發生的虧損應為2，990元，其中990元的所得稅通過“結余分配”科目核算后減少了事業基金990元。因而事業單位的所得稅作為支出核算才能體現出所得稅的本質屬性，也更符合《事業單位會計制度》的規定。下面談談事業單位的所得稅作為支出核算時的會計科目設置和賬務處理。為了核算事業單位所得稅的發生和結轉情況，在事業單位支出類會計科目中需要增設“所得稅”總分類科目，該科目借方登記本期負擔的所得稅，貸方登記期末轉入“事業結余”科目或“經營結余”科目的本期所得稅，結轉后該科目無余額。

按照《事業單位會計制度》的規定，事業單位的經營收支和非經營收支要分別核算，所以在“所得稅”總分類科目下還需要設置“經營活動所得稅”和“非經營活動所得稅”兩個明細科目，分別用來核算經營活動和非經營活動承擔的所得稅費用。“所得稅一非經營活動所得稅”科目年終余額應轉入“事業結余”科目，“所得稅一經營活動所得稅”科目年終余額應轉入“經營結余”科目。這樣事業單位負擔的所得稅包括在“事業結余”和“經營結余”科目中，從而避免了由于承擔所得稅而導致的經營虧損沖減事業基金的情況。例某事業單位年終計算出本年經營活動應交納所得稅24，000元，非經營活動應交納所得稅1，500元時，編制會計分錄如下：借：所得稅一經營活動所得稅24，000一非經營活動所得稅1，500貸：應交稅金一應交所得稅259500將其轉入結余時：借：事業結余24，000經營結余1，500貸：所得稅一經營活動所得稅24，000一非經營活動所得稅1，500