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1、基金使用更科學。第三周期管理辦法將基金使用進行了調整，即：將個人每年繳納的10元錢全部納入個人家庭賬戶，以戶為單位由本戶家庭成員使用，參合農民自己交納的錢由自己花。家庭賬戶基金沒有動用或沒有用完的可轉入下一年度繼續用于門診報銷。參合農民在鎮衛生院門診或定點一體化衛生室看病所花費的醫藥費可按比例先從家庭賬戶予以報銷，家庭賬戶用完后，可在鎮衛生院門診繼續報銷。

2、報銷補償標準提高了。在村衛生室和鎮衛生院的門診報銷提高了5個百分點；在鎮衛生院住院報銷提高了10個百分點；在區及區以上醫院住院報銷提高了5個百分點。住院報銷封頂線由原來的1萬元提高到1.5萬元。

3、將住院分娩納入了報銷范圍。在區內定點醫療機構住院分娩的，平產每人次補償100元，剖宮產每人次補償200元。

4、外出務工人員也可以報銷。外出務工人員在外地政府主辦的醫療機構發生的醫療費用，可持合作醫療報銷的有關手續到戶口所在地辦理報銷。

5、進一步明確了以戶為單位參加的規定。如果發現家庭成員應參加合作醫療而未全部參加，存在戶漏人現象的即取消該戶的參合報銷補償資格。

6、區內就診更加方便了。參合人員在區內定點醫療機構就診可自由選擇醫療單位，不需辦理轉診手續。但到區外其他醫療機構就診仍需辦理轉診手續。鎮衛生院將選派優秀醫務人員到村衛生室輪流坐診，使群眾不出村就能享受到和鎮衛生院一樣的醫療診治和服務。